学校充分利用信阳市农、林、水、茶资源富集的地域优势，积极开展应用研究。建有省级、市级重点实验室28个，省实验室1个，省（部）级工程技术中心8个、市级工程技术中心42个。近年来，先后主持承担国家级科研项目8项，省部级科研项目290余项；主持（参与）制定《地理标志产品——信阳毛尖》等国家标准3项、省级地方标准6项；获省部级科技成果奖20项、国家发明专利等知识产权1400余项。学校荣获“河南省高校科研管理工作先进集体”。

面向国家和地方经济社会发展需求，先后牵头组建河南省茶产业、河南省水库生态渔业产业、河南省食药用真菌产业、河南省油茶产业、大别山中药材产业等5个省级产业技术创新战略联盟，与地方政府联合组建由167家企事业单位、研究机构参与的信阳农林学院产学研合作联盟。先后组建省、市级产业科技特派员服务团9个、选派省级科技特派员1300余人次、省、市科技副总60人，精准服务地方产业企业，助力地方经济发展和老区乡村振兴。学校多次被评为“河南省科技特派员优秀派出单位”，荣获“河南省科技特派员工作先进集体”。