1993年7月：“乡镇工业系”创建。

1998年7月：更名为“生物工程系”。

2007年9月：生物工程系的“生物技术及应用”、“微生物技术及应用”等专业与农学系的“中药制药技术”专业整合组建“生物技术系”。

2015年7月：成立“生物与制药工程学院”。

2016年9月：开设制药工程专业，招收本科生。

2019年9月：增设本科专业中药资与开发。

2020年9月：增设本科专业生物制药。

2021年7月:更名为“制药工程学院”。

2023年10月:更名为“药学院”。

2024年1月：农学院“中草药栽培与鉴定”（2020年增设）专业并入药学院。